С тех пор порт осуществляет свою деятельность, хоть и имеет разные названия, подчиняется и переподчиняется различным ведомствам. 20 июля 1996 года произошло открытие пункта пропуска через государственную границу Украины в Севастопольском морском торговом порту – этот факт ознаменовал новую эру в развитии предприятия, выход на международный рынок.
Сегодня предприятие имеет большие перспективы для развития. Порт, расположенный в незамерзающей бухте, готов к принятию пассажирских и грузовых судов круглогодично. С 2002 года Севастопольский морской торговый порт стал членом Ассоциации круизных портов Средиземного моря, и теперь принимает лайнеры международного класса, являясь одним из самых привлекательных туристических маршрутов Украины. Так, в 2011 году уже поступило 46 заявок на заходы круизных теплоходов.
Большим шагом в жизни порта стало принятие на местном уровне стратегии развития Севастополя до 2020 года, где приоритетным направлением стала работа над улучшением уровня морехозяйственного комплекса региона.
Стратегические задачи города совпадают с программой развития предприятия, разработанной до 2015 года. Программа, к которой руководство и коллектив порта шли не один год, предусматривает, прежде всего, увеличение пропускной способности порта, реконструкцию и наращивание производственных мощностей, развитие внутригородского портового транспорта, обеспечивающего пассажироперевозки и безопасность мореплавания и его инфраструктуры.
Кроме того, руководством порта, совместно с Севастопольской городской государственной администрацией, проводится обширная работа по привлечению иностранных инвестиций.
