Согласно сообщению, одной из основных причин убыточности пассажирских перевозок являются льготные перевозки, которые недостаточно финансируются из бюджета. В 2009 году бюджетами всех уровней на компенсацию за льготные перевозки было предусмотрено 136,2 млн. грн. Железными дорогами перевезено граждан льготных категорий на сумму 509,9 млн. грн., что почти в 4 раза больше суммы, предусмотренной бюджетом. Следовательно, на протяжении последних месяцев года железные дороги осуществляли перевозку льготных категорий граждан за собственный счет.
По данным ведомства, если анализировать предоставление услуг по перевозке льготных категорий граждан с 2001 года, то они увеличились более чем в четыре раза, а компенсация за предоставленные услуги осталась фактически на прежнем уровне. Как сообщалось ранее, в 2009 году железные дороги Украины перевезли 490 млн. пассажиров. В целом компенсация за льготные перевозки «Укрзализныце» в 2009 году составила лишь 165 млн. грн., или 32% от суммы предоставленных услуг.
Значительные средства недополучены за перевозку студентов и учеников профессионально-технических учебных заведений. Также затруднительной остается ситуация с компенсацией за перевозку детей в возрасте от 6 до 14 лет. Расходы в государственном бюджете на покрытие отмеченных расходов не предусматриваются вообще. Кроме того, уже на протяжении пяти лет железные дороги предоставляют льготный проезд детям в возрасте от 6 до 14 лет за свой счет.